博物馆由梁思成的弟子，中国工程院院士、建筑大师张锦秋领衔设计。博物馆于2019年9月开工建设，2021年6月16号建成正式对外开放。整个博物馆占地面积200亩，总建筑面积约8万平方米，隶属于江苏省文旅厅，由南京省博物院负责布展运营，截止2021年年底，馆藏各类文物展品1万多件。整个博物馆分为5个部分：主展馆、馆前广场、内庭院、今月桥、大运塔。一共有14个展馆，包括2个常设展馆，2个临时展馆，还有10个专题展览馆。